한문희 원장이 취임식 당일 발표한 경영혁신안인 ‘대청마루경영’이 본격적으로 가동되면서 조직개편이 단행되고 실험적인 인사시스템이 도입됐다. ‘에너지혁신한마음위원회’가 자체 회의와 전직원 대상 공청회 등을 통해 검토된 안을 토대로 2007년도 제3회 규정심의위원회가 열렸으며 6월 20일(수) 조직개편안을 의결했다.

이번 조직개편으로 연구부서의 ‘부’조직이 ‘본부’로 개편되어 선임연구본부, 에너지효율연구본부, 화석에너지환경연구본부, 신재생에너지연구본부, 수소연료전지연구본부, 미래원천기술연구본부가 신설됐으며 기술확산 강화를 위해 시험성능평가센터와 성과확산센터를 선임연구본부 소속 센터로 이관했다. 또한 지원부서의 서비스 기능 강화 및 업무수요 중심으로 기존 연구기획부와 행정부가 대외협력부와 경영지원부로 개편됐으며 정책기능 강화를 위해 정책연구센터가 원장 직속부서로 이관했다.

이러한 조직개편에 발맞춰 실험적인 인사시스템이 도입됐으며 정부 출연연구소 최초로 ‘희망부서 지원제’를 6월 20일(수)부터 실시, 연구원들에게 부서를 선택할 수 있는 자율성을 부여해 자발적이고 유연한 연구조직 구성을 통한 연구역량 극대화를 꾀했다. 연구원들의 부서 선택이 끝난 후, 부서원들이 직접 보직자를 선출하는 ‘보직자 공모제’가 도입됐으며 ‘부서장 후보 추천투표’는 6월 22일(금)부터 25일(월)까지 진행됐다. ‘연구본부장 후보 추천투표’는 새로 선출된 5개 연구본부산하 센터장 및 단장을 대상으로 6월 27일(수) 실시됐다.

한편, 단행된 조직개편 및 인사발령에 따른 임명장 수여식이 7월 2일(월), 그린빌딩 회의실에서 있었다.