1999년 공공기술연구회 소속 연구기관으로 거듭나게 된 한국에너지기술연구소는 이를 기점으로 한국에너지기술연구원으로 명칭을 변경하고 변화된 연구개발 환경과 여건에 맞는 운영체제를 새롭게 확립하였다. 21세기에는 환경오염이 적은 미래 에너지원의 개발과 온실가스 배출저감을 위한 적극적인 시책이 요구되고 있으며, 국가 에너지기술 수요를 책임지고 있는 한국에너지기술연구원의 기능과 역할도 보다 중요하게 부각되고 있다. 현재 한국에너지기술연구원은 국가와 국민이 맡겨준 정부출연 에너지전문연구기관으로서의 소임을 다하고자 인류와 환경과 미래를 생각하는 선진 에너지기술 구현을 위한 부단한 노력을 경주하고 있다.
