한국에너지기술연구원은 공공기술연구회 산하 연구기관 중, 우수기관으로 선정되어 2004년 7월 27일, 서울 세종로 정부중앙청사에서 거행된 2004년도 정부출연연구기관 유공자 포상식에서 이해찬 국무총리로부터 표창장을 받았다.